Også når det gjelder HIV-smitte er transpersoner som har sex med menn overrepresentert. Særlig transkvinner er særdeles sårbare, og en nylig metastudie om HIV-status hos transpersoner på global basis fant at transkvinner var hele 66 ganger mer sannsynlig til å ha HIV sammenlignet med resten av befolkningen.
Nye estimater viser også at rundt 14% av transkvinner i USA lever med en HIV-diagnose, med en betydelig overrepresentasjon blant svarte og latin-amerikanske transkvinner.
For transmenn er det svært lite forskning på HIV som tar høyde for transmenn som har sex med menn spesifikt, men de nyeste tallene man har tyder på at også transmenn har betydelig høyere risiko for HIV-smitte enn cismenn. Samme metastudie som nevnt over konkluderte med at transmenn (uavhengig av legning) hadde rundt 7 ganger så høy sannsynlighet til å ha HIV enn cisbefolkningen. En
amerikansk studie gjennomført på den største seksuell helseklinikken i landet fant at hele 11% av transmenn som har sex med cismenn hadde testet positivt for HIV i løpet av studieperioden, sammenlignet med 3% blant andre brukere.
Estimatene blir betydelig høyere når sexsalg inkluderes i beregningen, hvor det er estimert at transpersoner som selger sex har rundt 16 ganger høyere risiko for HIV-smitte enn andre transpersoner. At transpersoner er såpass utsatt viser betydningen av skadeforebyggende arbeid og tilrettelagt informasjon.